Dalam melaksanakan tugasnya, Kepala Kesbangpol Kabupaten Bantul membawahi:
- Sekretaris
- Bidang Kesatuan dan Bangsa
- Bidang Politik Dalam Negeri dan Organisasi Kemasyarakatan
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
- Sub Bagian Program dan Keuangan
- Sub Bidang Ideologi Wawasan Kebangsaan dan Ketahanan Ekonomi, Sosial, Budaya, Agama
- Sub Bidang Kewaspadaan Dini dan Penanganan Konflik
- Sub Bidang Politik Dalam Negeri
- Sub Bidang Organisasi Kemasyarakatan
- Kelompok Jabatan Fungsional.
